W Krynicy mieszkało ponad 2200 grekokatolików, którzy byli skupieni wokół swojej cerkwi. Po zakończeniu II wojny światowej, rozpoczęła się deportacja ludności łemkowskiej na tereny Związku Radzieckiego lub na Ziemie Odzyskane. Ludność tej Parafii wyjechała pod Charków opuszczając swoje miejsca zamieszkania. Wśród mieszkających na tym terenie osób wyznania rzymskokatolickiego i ludności napływowej, do 1946 roku nabożeństwa w opuszczonej cerkwi odprawiali kapłani z Parafii pw. Wniebowzięcia NMP w Krynicy-Zdroju, a od 1946 roku duszpasterzował tu wikariusz z Muszyny ks. Stanisław Cieśla. 

29 XII 1951 roku bp Jan Stepa - Biskup Tarnowski - erygował Parafię pw. Matki Bożej Nieustającej Pomocy w Krynicy. Jej pierwszym proboszczem został mianowany ks. Stanisław Cieśla. Kościołem parafialnym w tym czasie była dawna cerkiew pw. Objawienia Pańskiego, którą parafianie gruntownie wyremontowali i wyposażyli, ponieważ cerkiew była ogołocona ze wszystkiego. Organizując życie religijne z wielkim trudem zakupiono szaty liturgiczne, fisharmonie, obraz Matki Bożej oraz inne paramenty liturgiczne. Jeszcze  przed powstaniem Parafii ks. Cieśla urządził Misje Święte, które przyczyniły się do pewnej konsolidacji mieszkających tutaj wiernych. Władze komunistyczne na wszelki sposób szykanowały ks. Cieślę, chcąc go zmusić do  opuszczenia plebani. Jednak ks. Proboszcz pozostał „na posterunku” do końca. Zmarł nagle na atak serca 17 sierpnia 1953 roku.

Od dnia jego pogrzebu do 9 kwietnia 1954 roku, w osieroconej Parafii duszpasterzował ks. Kazimierz Podolski oraz ks. Edward Norek, wikariusze z Krynicy-Zdroju.

9 kwietnia 1954 roku proboszczem został mianowany ks. Władysław Podraza, wikariusz z Zakliczyna, który rozpoczął pełnienie swoich obowiązków nowego pasterza od rekolekcji parafialnych.

W 1955 roku z ofiar złożonych przez parafian został zakupiony nowy dzwon o wadze 300 kg, który 8 maja 1955 roku poświęcił ks. Kazimierz Zatorski, proboszcz z Muszyny.

6 listopada 1955 roku została poświęcona przez Wikariusza Generalnego Diecezji Tarnowskiej - ks. Franciszka Sierosławskiego, kaplica półpubliczna mieszcząca się u ss. Loretanek przy ul. Źródlanej.

W 1957 roku swoją posługę w Parafii rozpoczęła loretanka - s. Gregoria Konopka - pełniąca funkcję organistki. W tym też roku dwanaście sióstr zakonnych rozpoczęło pracę w miejscowym szpitalu.

2 kwietnia 1959 roku zaczęto odprawiać po raz pierwszy w Parafii Nowennę do Matki Bożej Nieustającej Pomocy.

12 czerwca 1960 roku, Wikariusz Kapitulny - bp Karol Pękala poświęcił ołtarz główny w kościele parafialnym, ufundowany przez parafian.

19 sierpnia 1962 roku bp Jerzy Ablewicz – ówczesny Biskup Tarnowski - poświęcił odmalowany gruntownie kościół.

W październiku 1962 roku cmentarz parafialny został przekazany we władanie Zarządu Gospodarki Komunalnej w Krynicy-Zdroju.

W dniach 18-19 września 1969 roku Parafia przeżywała peregrynację Obrazu Matki Bożej Częstochowskiej w symbolach nawiedzenia (pusta rama i świeca).

14 stycznia 1972 roku bp Jerzy Ablewicz poświęcił 3 dzwony sprawione do kościoła z ofiarności parafian. 

W 1986 roku w Parafii wprowadzono nabożeństwo do Miłosierdzia Bożego, które sprawowane było w każdą ostatnią niedzielę miesiąca.

1 czerwca 1986 roku zmieniono administracyjne granice Parafii, odłączając od niej ul. Źródlaną i osiedle przy ul. Rewolucji Październikowej, włączając je do nowopowstałej Parafii pw. św. Antoniego w Krynicy-Zdroju.

W czerwcu 1995 roku ks. Władysław Podraza przeszedł na zasłużoną emeryturę.

25 czerwca 1995 roku Biskup Tarnowski Józef Życiński mianował proboszczem tutejszej Parafii ks. Eugeniusza Szymczaka, dotychczasowego proboszcza oraz budowniczego kościoła i plebanii w Parafii pw. bł. Marii Teresy Ledóchowskiej w Muszynie.

16 lipca 1995 roku  ks. Eugeniusz Szymczak kanonicznie objął Parafię oraz przejął obowiązki proboszcza i kapelana miejscowego szpitala.

31 grudnia 1996 roku kościół przez lata służący tutejszej społeczności parafialnej, został notarialnie przekazany jako dawna cerkiew wspólnocie Parafii grekokatolickiej.

27 stycznia 1997 roku bp Józef Życiński, ówczesny Biskup Tarnowski, celebrował uroczyste nabożeństwo z okazji przekazania świątyni i podjął decyzję o budowie nowego kościoła.

19 czerwca 1998 roku na zakończenie wizytacji dekanatu krynickiego w Słotwinach, Przewodniczący Rady Gminy Zbigniew Tekiela wręczył księdzu proboszczowi uchwałę Rady Miasta datowaną na dzień 15 czerwca 1998 roku, w której wyrażono zgodę na zamianę kilku działek przeznaczonych na cmentarz parafialny na jedną pod budowę kościoła u zbiegu ulic Reymonta i Czarny Potok, gdzie wtedy znajdowała się baza transportowa PPU, która miała zostać przeniesiona w inne miejsce. Parafia wykorzystała tą okazję i poprosiła władze o zgodę na lokalizację w tym miejscu nowego kościoła.

12 sierpnia 1998 roku ks. Eugeniusz Szymczak podpisał w Urzędzie Miasta akt notarialny, który uczynił Parafię właścicielem działki pod budowę nowego kościoła. Trzeba tutaj podkreślić ogromny wkład ówczesnego Burmistrza Krynicy-Zdroju dra Jana Golby w sprawie przyjęcia wskazanej lokalizacji, mimo głosów sprzeciwnych zgłaszanych przez niektórych parafian.

W czerwcu 1999 roku Ojciec Święty Jan Paweł II poświęcił Kamień Węgielny pod budowę nowego kościoła podczas uroczystości kanonizacji św. Kingi w Starym Sączu.

W dniach 22-23 maja 2000 roku Parafia przeżywała uroczystość Nawiedzenia Obrazu Matki Bożej Jasnogórskiej.

11 lipca 2002 roku bp Wiktor Skworc poświęcił Krzyż i plac przeznaczony pod budowę nowej świątyni.

7 czerwca 2003 roku zmarł ks. Prałat Władysław Podraza, a jego pogrzeb odbył się 9 czerwca 2003 roku.

21 września 2003 roku ówczesny Biskup Tarnowski Wiktor Skworc dokonał aktu wmurowania kamienia węgielnego pod wznoszoną świątynię.

2 czerwca 2007 roku w kościele parafialnym odbył się I Koncert Muzyki Sakralnej, połączony z recytacją utworów Papieża Jana Pawła II z racji Światowego Festiwalu Kultury Chrześcijańskiej, zorganizowanego przez Światowe Stowarzyszenie Kultury Chrześcijańskiej im. Jana Pawła II z siedzibą przy Parafii. 

19 grudnia 2009 roku po Mszy Świętej o godz. 17:00 oraz po ostatnim uroczystym nabożeństwie sprawowanym w cerkwi cała wspólnota parafialna procesyjnie udała się do nowej świątyni, która od tego momentu stała się „sercem” Parafii. Ojcowi przenieśli krzyż, matki i dziewczęta obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy, a ksiądz Proboszcz Najświętszy Sakrament.

10 czerwca 2010 roku podczas nabożeństwa sprawowanego przez ks. Andrzeja Liszkę swoją działalność rozpoczęła Grupa Modlitewna św. Ojca Pio.

29 czerwca 2010 roku ówczesny Biskup Pomocniczy Andrzej Jeż dokonał poświęcenia kościoła, którego bryłę architektoniczną zaprojektował mgr inż. Czesław Biały z Nowego Sącza, a wyposażenie wnętrza wykonano wg projektu prof. Wincentego Kućmy, przy współpracy Krzysztofa Kućmy i Zbigniewa Prokopa z Krakowa.

Do najciekawszych elementów wyposażenia kościoła należą:

  • pozłacane tabernakulum z inskrypcją A∕Ω, które otoczone jest czteroma płaskorzeźbami, przedstawiającymi sceny biblijne: Rozmnożenie Chleba, Cud w Kanie Galilejskiej, Ostatnia Wieczerza i Jezus Zmartwychwstały.
  • Ołtarz ofiarny wykonany jest z litego bloku granitowego w formie stołu, na froncie którego widnieje odlew Chrystusa w otoczeniu dwunastu Apostołów.
  • W nawach bocznych przylegających do prezbiterium znajdują się ołtarze Miłosierdzia Bożego i Ołtarz Chrzcielny w odlewie z brązu z chrzcielnicą granitową oraz ołtarze Św. Józefa i św. Michała Archanioła rzeźbione w drewnie.

20 czerwca 2011 roku odbyło się rozpoczęcie obchodów w związku z 60-tą rocznicą powstania Parafii.

23 września 2011 roku Bp Wiesław Lechowicz dokonał poświęcenia Kaplicy w podziemiach miejscowego szpitala.

16 października 2011 roku z okazji Dnia Papieskiego odbył się Koncert wokalno-instrumentalny Wielkiej Mszy Koronacyjnej w wykonaniu solistów Filharmonii Krakowskiej i Katowickiej oraz Chłopięcego Chóru Katedralnego z Tarnowa „Pueri Cantores Tarnoviensis” pod dyrekcją ks. Grzegorza Piekarza.

18 października 2011 roku w naszym kościele obchodzono Jubileuszowe dziękczynienie Służby Zdrowia pod przewodnictwem Biskupa Wiktora Skworca.

30 grudnia 2011 roku odbyła się uroczystość Konsekracji Kościoła, której przewodniczył Abp Wiktor Skworc – Arcybiskup Metropolita Archidiecezji Katowickiej.

17 lutego 2012 roku ks. Proboszcz Eugeniusz Szymczak otrzymał Krzyż Zasługi nadany przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Lecha Kaczyńskiego.

17 października 2012 roku Biskup Tarnowski Andrzej Jeż poświęcił Pomnik Jana Pawła II na placu przed kościołem z przesłaniem: „Brońcie Krzyża”.

8 kwietnia 2013 roku swoją działalność rozpoczęła Poradnia Rodzinna w naszej Parafii.

10 października 2013 roku Parafia przeżywała Nawiedzenie Obrazu Jezusa Miłosiernego oraz relikwii  bł. Jana Pawła II i św. s. Faustyny Kowalskiej. Okolicznościowe nabożeństwo celebrował Bp Wiesław Lechowicz.

27 kwietnia 2014 roku Biskup Stanisław Salaterski poświęcił Ołtarz Miłosierdzia Bożego, którego fundatorami oprócz parafian i gości byli: dr n. med. Maria Alina Niemiec, Sylwester i Stanisława Sasakowie, lek. med. Jadwiga Kram-Moskała, Anna i Lucjan Sekułowie oraz Kolej Gondolowa „Jaworzyna Krynicka”.

W dniach 10-12 lipca 2015 roku odbyła się Peregrynacja Figury św. Michała  Archanioła w naszej Parafii, którą prowadzili michalici: o. Janusz Sahajko i br. Andrzej Zimny. Na zakończenie peregrynacji o.  Sahajko poświęcił Obraz św. Michała Archanioła, namalowany przez Annę Sękowską z Krakowa.

12 lipca 2015 roku w Parafii powstała Grupa Modlitewna św. Michała Archanioła.

10 stycznia 2016 roku - w Roku Jubileuszu 1050-tej rocznicy Chrztu Polski Bp Stanisław Salaterski poświęcił obraz św. Józefa autorstwa Anny Sękowskiej i  Ołtarz Chrzcielny , którego współfundatorami byli lekarze Halina i Tadeusz Frączkowie.

24 czerwca 2018 roku na zakończenie wizytacji kanonicznej w naszej Parafii Bp Stanisław Salaterski dokonał poświęcenia figury Matki Bożej Nieustającej Pomocy na frontonie kościoła odlanej w brązie.

2 grudnia 2018 roku odbył się I Wieczór Uwielbienia, na którym bardzo licznie zgromadzili się wierni z naszej Parafii i okolicznych miejscowości.

17 listopada 2019 roku w Światowy Dzień Ubogich w naszej Parafii zainaugurowano działalność „Jadłodzielni” (społecznej lodówki).

29 grudnia 2019 roku Bp Stanisław Salaterski poświęcił gruntownie wyremontowane organy przez firmę Sławomira Piotrowskiego z Modlnicy.

19 lipca 2020 roku odbyła się inauguracja comiesięcznej Nowenny do św. Józefa, która od tego momentu prowadzona jest każdego 19. dnia miesiąca. 

1 sierpnia 2020 roku - w I sobotę miesiąca – w naszej Parafii zainaugurowano comiesięczny Męski Różaniec z udziałem Grupy Wojowników Maryi z Nowego Sącza.

1 września 2020 roku miało miejsce uroczyste wprowadzenie do naszego kościoła relikwii św. Matki Teresy z Kalkuty.

13 października 2020 roku Zespół Szkół Ponadpodstawowych im. Jana Pawła II w Krynicy-Zdroju obchodził Święto Patronalne z okazji 100. Rocznicy urodzin św. Jana Pawła II oraz 95. Rocznicy powstania Szkoły. Uroczystej Mszy Świętej połączonej z poświęceniem nowego Sztandaru Szkoły przewodniczył Biskup Tarnowski Andrzej Jeż.

Rok 2020 naznaczony został pandemią koronawirusa, która mocno krzyżowała wiele planów duszpasterskich, ale sprawiła również, że wielu doceniło wartość swojej wiary i budowania wspólnoty parafialnej.

Bogu niech będą dzięki za niespełna 70 lat wspólnego kreślenia historii naszej Parafii. Oby to Boże dzieło trwało po najdłuższe lata i wydawało piękne owoce wiary, nadziei i miłości na kartach naszych krynickich serc.